Esploratore apprezzato, Pellegrino Matteucci si lega in particolare alla sua città di adozione, Bologna, nel cui cimitero della Certosa riposano le sue spoglie.

La sua tomba è un monumento situato nel Chiostro V e realizzato dallo scultore Carlo Parmeggiani.

Per alcuni anni visse anche a Granarolo dell'Emilia, nella villa alle porte del capoluogo, dove una targa posta sul muro lo ricorda. l’Istituto comprensivo del paese porta il suo nome.